El 3 de junio del 2001, domingo de Pentecostés y 38 años después de su muerte, su cuerpo fue hallado intacto y trasladado desde la capilla subterránea de la Catedral de San Pedro hasta el altar de San Jerónimo. De hecho, al poco tiempo de haber sido ordenado sacerdote se dedicó a la enseñanza de Patrología y San Jerónimo es uno de los grandes Padres de la Iglesia, que tradujo la Biblia del hebreo al latino. En la homilía de la Misa de Pentecostés, su Santidad el Papa Juan Pablo II recordó al beato Juan XXIII con bonitas palabras. Actualmente el beato papa Juan descansa al lado del altar de este noble Padre de la Iglesia, que lo precedió en el camino de santidad.
El sarcófago donde se encontraban los restos del papa Roncalli fue trasladado a su pueblo natal, Sotto il Monte, y se encuentra en la iglesia de Santa María in Brusicco.