En 1892, cuando Angelo tenía 11años, entró en el Seminario de Bérgamo para cursar los estudios superiores, gracias a la ayuda económica del párroco Rebuzzini y de Giovanni Morlani, propietario de las tierras que cultivaban los Roncalli. En el Seminario determinó hacer todo lo posible para conseguir la santificación, tal como se puede leer en su "Diario del Alma", que empezó a escribir en 1895. A causa de su capacidad intelectual y moral, en 1901 fue enviado a Roma para seguir sus estudios como alumno del Seminario Romano dell'Apollinare. En un clima de apertura e innovación cultural, dice de la formación intelectual impartida por el Seminario Romano: "daba discretas alas a nuestra juventud y coraje para alcanzar grandes horizontes". En 1901-1902 pidió el servicio militar anticipado, sacrificándose en el lugar de su hermano Zaverio, el cual era indispensable en casa y para trabajar en el campo. Fue un gran purgatorio. "Aún así -escribía- siento que el Señor, con su Providencia, se encuentra a mi lado". En 1904 obtuvo el título de Sagrada Teología.