Am 3. Juni 2001, Pfingstsonntag und gleichzeitig der 38.Todestag von Papst Johannes XXIII wurden seine gut erhaltenen Überreste , von den Untergewölben des Vatikans zur San Peters Basilika vor dem San Girolamos Altar überführt. In der Tat, war seine erste Aufgabe als Lehrer der Patrologie tätig zu sein.
Aus diesen Grund ist San Gerolamo wichtig, weil er als bekannter Geistlicher die Bibel aus den Jüdischen ins Lateinische übersetzte.
Während der Pfingstmesse erinnerte Papst Johannes Paul der II den heiligesprochenen Papst Johannes XXIII mit rührenden Worten.
Heutzutage ruht Papst Johannes XXIII im Altar des Adligen Vaters der Kirche, der den Weg zur Heiligkeit fortführte.
Der Sarkophag in dem die Bahre aufbewahrt wurde, ist nach Sotto il Monte, in die Kirche von Santa Maria in Brusicco überführt worden.