Il 3 Giugno 2001 domenica di Pentecoste e trentottesimo anniversario della sua morte, dopo la ricognizione del suo corpo trovato ancora intatto, la sua salma viene traslata dai sotterranei vaticani alla Basilica di san Pietro all'altare di san Girolamo. Infatti il suo primo incarico dopo essere stato ordinato sacerdote fu di insegnante di Patrologia e san Girolamo fu un grande padre della chiesa che tradusse la Bibbia dall'ebraico in latino. Sua Santità Papa Giovanni Paolo II nell'omelia della messa di Pentecoste ricordò il beato papa Giovanni XXIII con toccanti parole.
Ora il beato papa Giovanni XXIII riposa presso l'altare di questo nobile padre della chiesa che lo precedette nel cammino di santità. Il sarcofago in cui era conservata la bara viene trasferito a Sotto il Monte suo paese natale nella chiesa di Santa Maria in Brusicco.